枋头之战失败后，桓温许久都没从失败的阴影中走出来。他将这次失败看作奇耻大辱，久久不能释怀。桓温之所以如此耿耿于怀，是因为他想凭借此次北伐一举消灭前燕，等他收复中原后回来接受加九锡之礼，为接下来取代司马氏做准备。但此次失利让他的计划成为幻想。为了发泄心中的恶气，他一直准备攻打占据寿春的袁真，只是因为袁真有一定的军事能力，桓温没有必胜的把握才暂时作罢。
公元370年二月，袁真去世，他的儿子袁瑾接过了兵权。袁真一死，桓温便没有了忌惮，当年八月率领两万精锐包围了寿春，经过几个月的围困终于拿下了寿春。桓温将袁瑾以及他们的宗族全部押送到京城，以此来发泄心中的怒火。
攻下寿春后，桓温问自己的谋士郗超，此举能否抵消枋头之战失利带来的影响。郗超是名将郗鉴的孙子，他直言不讳的告诉桓温不能。此时的桓温已经年近六十，枋头之战让他在朝堂上的声望大大折损，郗超看出了他的野心，便劝桓温应该效仿霍光，扶持一个新皇帝，这样才能在朝堂上树立绝对的权威。
郗超的话直击桓温的心坎，此时东晋的皇帝已经不是司马丕。公元365年二月，晋哀帝司马丕由于迷恋长生之术服用过量丹药毒发身亡，由于没有留下子嗣，崇德太后褚蒜子立琅琊王司马奕为帝。司马奕虽然是司马丕的亲弟弟，但两人的品性完全不同，司马奕在行事方面非常谨慎，没有留下不好的把柄。
桓温表示要废掉司马奕得需要正当的理由，如果强行废立，恐怕会弄巧成拙。郗超见桓温有废立皇帝之意，便将早已准备好的计谋告诉桓温。郗超表示，可以对外放风声称司马奕阳痿，没有生育能力，他的三个儿子都是他人与其妃子所生，如果让司马奕继续做皇帝，传至下一代，司马家族的江山就要改姓。这是一个非常低级且卑劣的计谋，但非常能迎合人们看热闹的心理，在郗超的散播下，司马奕阳痿不举一事很快在京城内传开。
公元371年十一月，桓温拿着事先起草好的诏书，找到崇德太后褚蒜子，让她下诏废黜司马奕，立会稽王司马昱为帝。褚蒜子浸淫政坛二十多年，深知这其中的是非，如果她不同意桓温的要求，晋室恐怕会面临一场腥风血雨，无奈之下，褚蒜子同意废黜司马奕。
随后桓温召集文武百官宣读了罢黜司马奕的诏书，将其贬为东海王，然后拥立会稽王司马昱为帝。此时的司马昱已经五十二岁，当他从家中被拖去朝堂登基的时候，放声大哭。他本想做一个安逸的王爷，没想到一把岁数还被桓温架到火上烤。司马昱登基后，史称晋简文帝。
毫无疑问，司马昱是一个傀儡皇帝，桓温为了清除异己，逼迫司马昱下诏将殷涓、庾蕴等名门大家连根拔起，司马奕的三个儿子以及他们的母亲也没能逃脱桓温的诛杀。后来桓温还想将司马昱的哥哥太宰司马晞杀掉，对此司马昱坚决不同意，他告诉桓温，他愿意让出皇位，但坚决不能杀司马晞。桓温见司马昱如此强硬，便暂时作罢。
司马昱做王爷时，日子过得非常潇洒，自从成为皇帝后，整日郁郁寡欢。仅仅过了一年，司马昱便在忧郁中卧床不起，他一连下发四道诏书宣桓温入宫商讨后事，但桓温均拒绝前往。因为桓温害怕入宫后会遭到不测，此时的他只敢待在自己的封地。
司马昱想把皇位让给桓温，他册立完年仅十一岁的儿子司马曜为太子后，又下了一道诏书让桓温前来辅政，如果觉得司马曜不值得辅佐，桓温可以取而代之。时任左卫将军的王坦之告诉司马昱，晋朝天下是司马家族先辈打下来的，他不能随意拱手让给桓温。司马昱觉得有道理，随后重新写了一份诏书，命桓温要效仿诸葛亮、王导那样辅佐新皇帝。
公元372年七月，司马昱驾崩，时年五十三岁。司马昱驾崩后，年仅十一岁的司马曜继位，史称晋孝武帝。桓温本想等着司马昱禅位于他，即便不禅位，起码也要让他做摄政王。如今只是将他当做顾命大臣，这让桓温异常愤怒。
司马曜为了平息桓温的怒气，他下诏让桓温入朝总领朝堂大事，并派谢安等人亲自前去邀请。桓温推辞了几次之后，最终决定进京面圣。公元373年二月，桓温从他的封地姑孰出发，为了体现对桓温的重视，司马曜派王坦之和谢安在城外迎接。
桓温入京后前去司马昱的陵前祭拜，在祭拜的过程中桓温出现了精神恍惚，随后就一病不起。为了能安心养病，桓温在建康停留了十几日就返回姑孰。回到姑孰后他的病情并未好转，桓温自感时日无多，派人向朝廷为其请求加九锡之礼。谢安和王坦之得知桓温的病情后，表面上答应会向皇帝为他请加九锡之礼，暗地里一直拖延此事，准备拖死桓温。
公元373年七月十四日，桓温未等到加九锡之礼到来便去世，时年六十二岁。桓温死后，朝廷按照霍光葬礼的排场来安葬桓温，并追赠他为丞相，给了他足够的体面。桓温在抵御外敌方面做出的功绩是值得肯定的，但他对内试图篡位、祸乱朝纲一事让他饱受骂名。桓温曾说。人若不能流芳百世，那就遗臭万年。用这句话来总结他的一生再合适不过。
桓温有五个弟弟、六个儿子，考虑到大儿子桓熙才干不足，桓温遂将军队留给了弟弟桓冲。对此桓熙非常不服气，他联合自己的叔叔桓秘试图夺权，但计划失败被贬到长沙。谋反失败也说明桓熙的确是个草包。处理完桓熙后，桓冲让桓温年仅五岁的小儿子桓玄继承了父亲的爵位。
与一心想篡位的桓温不同，桓冲为人比较忠厚，他掌权后全力辅佐晋室，对于生杀大事都是先请示朝廷再做决断。因为桓温的前车之鉴，桓冲的示好并未获得朝廷的信任，在谢安的主导下，崇德太后褚蒜子正式临朝听政。结束了桓氏家族控制朝堂的时代。
就在晋室朝堂出现政权更迭之时，前秦也发生了重大变故。
作为灭掉前燕的首功之臣，王猛担任都督六州的事务，工作十分繁重，他上书给苻坚，表示自己担任的职务太多，无法做好每一件事，他请求苻坚派人来接替他的职位，他只要镇守一个州即可。苻坚表示，王猛和他名义上是君臣关系，实际上已经有超过君臣的情感，整个天下实际上就是他们两人的，如果他觉得不满意，就封他为王。
王猛不想让苻坚误会他有称王之意，便不再推辞这些职务，随后苻坚又任命他为丞相、中书监、尚书令、太子太傅、司隶校尉、持节等等十几个之位，苻坚几乎把前秦位极人臣的官职都给了王猛。此时的王猛已经是标准意义上的二号人物，除了苻坚之外，整个国家都是他说了算。王猛担心功高盖主，亲自跑到长安向苻坚请辞，对此苻坚坚决不允许。苻坚经常告诫太子以及一众皇室宗亲，让他们向尊敬皇帝一样尊重王猛。好在王猛不负所托，在他的治理下，前秦世道清朗，呈现出一片蒸蒸日上的景象。
但长年累月的勤政严重透支了王猛的身体，公元375年六月，王猛一病不起。苻坚听后心急如焚，带领文武百官到宗庙为王猛祈福，为了给王猛积德，苻坚大赦天下，死刑犯一下的罪犯均被赦免。但这一系列操作并未让王猛的病情好转，当年七月，王猛病情加重，苻坚来到王猛的病榻前看望，弥留之际的王猛告诉苻坚，南方的晋室是皇室正统，经过几十年的动荡后，现在朝堂上下一心，不要试图灭掉晋室，前秦真正的敌人是鲜卑、羌人等部落，只要能平定他们，就能安定社稷。交待完后事，王猛溘然长逝，时年五十一岁。
王猛的死让苻坚悲痛欲绝，他亲自把王猛放进棺材，并下令以霍光下葬的规格来为他举行葬礼。王猛出殡时。苻坚亲自前往哭吊，王猛死后，苻坚久久不能释怀。在五胡十六国的乱世之中，苻坚和王猛之间的君臣情，也算是为数不多的佳话。
王猛死后，苻坚并未放弃一统天下的决心，此次他打算把征讨目标放在前凉身上。自从前凉大将谢艾破掉后赵扬名立万后，前凉过了几年安稳的日子，但这种日子没有持续多久。公元353年前凉王张重华病重，下诏让谢艾进京辅政，但张氏宗族十分嫉妒谢艾，张重华的表哥张祚将谢艾进京辅政的诏书撕毁，然后拥立张重华的次子张曜灵继位。为了彻底除掉谢艾，张祚假传召书诛杀了谢艾。谢艾作为安定前凉的顶梁柱，随着他的被杀，前凉的根基也彻底被毁。
杀掉谢艾后，张祚公然和马太后通奸，两人整日在后宫淫乱。朝堂大臣碍于张祚的淫威不敢出面制止。大臣们的集体失声让张祚更加胆大妄为，随后他废黜了张曜灵，随后将其杀死，自己登上了王位。由于得位不正，张祚并未获得国内其他诸侯的支持。时任河州刺史的张瓘和骁骑校尉宋混一起杀进京师姑臧，将张祚乱刀砍死。
杀死张祚后，张瓘和宋混拥立张重华的幼子张玄靓为帝，此时的前秦已经对前凉蠢蠢欲动，在强大的前秦面前，张瓘决定向前秦称臣。张瓘虽然除掉了祸乱朝政的张祚，但张瓘本人并不是善茬，为了把持朝政，张瓘把自己的家人全部安排到核心位置，并对忤逆自己的人格杀勿论，此举引起了宋混的不满，他发动政变杀掉了张瓘，接管了朝堂。后来宋混去世，他的弟弟宋澄继承了权力，继续把持朝堂。宋澄为人嚣张跋扈，仅仅执政几个月便被大司马张邕诛杀，宋澄被夷灭三族。不久之后张重华的弟弟张天赐将张邕灭族，后来又杀死了幼主张玄靓，自己登基专政。
张天赐上台后，派人前去通知前秦不再对其称臣，后来前秦灭掉前燕，实力大增，张天赐感受到了压力，派人去晋室求救，晋室在出兵相救一事上没达成一致，暂时搁置了救援一事。公元376年七月，苻坚派武卫将军苟苌和左将军毛盛率领大军进攻前凉，这些年前秦军队在王猛的打磨下已经成为一支王者之师，前凉面对前秦的进攻不堪一击，经过一个多月的战斗，前秦就打到了姑臧城下，张天赐见大势已去，决定开城投降。
公元376年八月二十七，张天赐自缚双手，抬着一口棺材出城投降，苟苌亲自为他松绑，并命人烧掉棺材，表示同意接受投降，然后将他送到长安。随着张天赐出城投降，立国五十七年的前凉宣告灭亡。值得一提的是，前凉政权并不是胡人建立的，他的国君都是汉人，之所以将其归纳到五胡十六国当中，是便于叙述这段历史。前凉的实力并不强，在历史中的存在感也不高，但却是五胡十六国当中立国时间最久的。
张天赐被押到张安后，苻坚给予其很高的礼遇，并任命他为北部尚书，封归义侯。其他前凉官员也得到不同程度的任用。在前凉灭亡前夕，晋室已经决定出兵相救，但因为前秦攻击速度太快，在晋军尚未到达战场之前就攻陷了姑臧。听说前凉被灭，晋室后悔不已，但也只能接受这种结果。
灭掉前凉后，苻坚稍作休整，紧接着又把目标指向代国。代国是鲜卑拓跋部建立的，君主名叫拓跋什翼犍，当前秦灭掉前凉后，拓跋什翼犍慑于前秦的实力，对前秦称臣。由于代国主动称臣，苻坚没有理由对其发难。后来臣服于代国的匈奴部落酋长刘卫辰投降了前秦，拓跋什翼犍非常生气，派兵前去讨伐。刘卫辰向前秦搬救兵，苻坚本就想对代国动手，于是以支援刘卫辰为由对代国发起进攻。
公元376年十月，苻坚任命幽州刺史苻洛率领十万大军讨伐代国，同时又命令镇军将军邓羌等人率领二十万大军与苻洛会师，在刘卫辰的带领下，直奔代国。在前秦如此强势的攻击下，代国军队根本不是对手，拓跋什翼犍为了保存主力军，于当年十二月退至漠南。
当初拓跋什翼犍是在弟弟拓拔孤的拥戴下成为代王的，拓拔孤的儿子拓跋斤多次一直不满，如今拓跋什翼犍落难，拓跋斤打算煽动叛乱。拓跋什翼犍和慕容王妃有六个儿子，拓跋斤为了煽动叛乱，他告诉拓跋什翼犍另外一个儿子拓跋寔君，说拓跋什翼犍打算将王位传给慕容王妃的儿子，拓跋寔君是个头脑简单的人，在拓跋斤的挑拨下，他打算先下手为强，于是联合拓跋斤一起杀掉了拓跋什翼犍和慕容王妃的六个儿子。
拓跋什翼犍死后，代国内部一片大乱，慕容王妃带着六个儿媳逃到了前秦投降，拓跋什翼犍的孙子拓跋珪在母亲贺氏的带领下逃到了弟弟贺讷所在的部落。前秦趁代国内乱之际，相继拿下了云中，拓跋斤和拓跋寔君被活捉。苻坚得知他们两个人的行为后，下令将他们车裂，以此来惩罚弑君作乱的行为。
拿下代国后，苻坚将代国分成两部分，黄河以西交给刘卫辰，黄河以东交给了拓跋什翼犍的旧将刘库仁，以此来弱化代国的实力。后来拓跋珪在母亲的带领下前去投奔刘库仁，年幼的拓跋珪暂时在刘库仁的照料下安定下来。
经过连年的征战讨伐，前秦相继灭掉了前燕、前凉和代国，国家版图不断扩大，整体实力达到了巅峰。但实力强大的背后也隐藏着隐患，前秦的国家版图是由不同部落、民族组成的，苻坚为了治理方便，让各自部落首领在区域内实行自治，这相当于现在的联邦制国家，名义上归前秦管理，但各个政权之间是相互独立的。一旦遇到危机，这种形式的权力结构很快就会被瓦解。
灭掉代国后，前秦完成了对北方的统一，前秦的强大让南方的晋室感到不安，因为苻坚是一个胸怀大志的帝王，接下来他会将目标指向南方。桓温去世后，谢安被任命为上书仆射，与王坦之一起共同辅政。谢安在辅政方面非常尽心尽力，他为人温和，推行德政，给东晋朝堂带来一缕清风，他也因此被拿来和王导作比较，甚至人们觉得他比王导更加儒雅。
虽然谢安在朝堂上的声望很高，但大部分军事重镇依然掌握在桓氏家族手里，为了平衡朝堂势力，应对前秦的威胁，谢安提拔谢玄为兖州刺史，兼任广陵相，都督长江以北的军事。谢玄是谢安大哥谢奕的儿子，谢玄被举荐时年仅三十出头，大臣们虽然比较尊重谢安，但对这项人事任命还是议论纷纷，毕竟谢玄的年纪太小，人们质疑他能否堪当大任。但谢安非常信任自己这位侄子，力排众议把他提拔上来。
谢玄到任兖州后，便开始积极招募军士，在他的积极运作下，先后将刘牢之、何谦等一众猛将收之麾下，队伍成型后，谢玄给这支队伍起名为北府兵。
公元378年十月，苻坚派征南大将军苻丕、武卫将军苟苌、尚书慕容暐率领七万大军攻打襄阳。同时让慕容垂、石越等人统领十万大军作为配合，此次苻坚几乎出动了全国精锐，之所以如此兴师动众，就是为了一举拿下襄阳。在秦军的围攻下，襄阳守军不敌，很快失去了外城防御。与此同时，慕容垂也在南阳传来捷报，他活捉了南阳太守，并于苻丕在襄阳会和。
此时秦军士气高昂，粮草充足，苻丕和慕容垂本以为能轻松拿下襄阳，但襄阳军民团结在一起，前赴后继浴血奋战，暂时守住了襄阳。
由于秦军是远程作战，每日消耗巨大，眼见攻打襄阳迟迟无果，苻坚非常愤怒，他派人给苻丕传话，再给他们最后一次围攻襄阳的机会，如果再拿不下襄阳，就要苻丕自刎谢罪。苻丕眼见父亲苻坚如此震怒，不敢再怠慢，他下令军队保持待命状态，随时有可能进攻。此时的苻丕并没有更好的破敌之策，眼看日子一天天过，苻丕十分着急，就在他一筹莫展之际，襄阳城内发生了叛变。襄阳守将朱序打了几次胜仗后，便放松了戒备和警惕。认为前秦军队并非传言中那么不可战胜，在防守方面出现了松懈。朱序的副手李伯认为襄阳早晚会沦陷，与其沦陷后被杀，不如主动投降换取高官厚禄。
公元379年二月，李伯私下里派自己的儿子前去向苻丕投降，李伯表示愿意做城中内应，打开城门放秦军进来。苻丕听后大喜。在李伯的策应下，秦军很快拿下了襄阳。朱序和李伯都被活捉绑送到襄阳。
苻坚听闻朱序和李伯的事情后，下令将李伯处死，然后重用朱序，任命他为度支尚书。苻坚向来追求贤名，此番他重用朱序就是为了体现他的胸襟。但他不知道的是，朱序是被活捉，并不是主动投降，他的内心仍然心系晋室。这个任命也给苻坚挖了一个大坑。
拿下襄阳后，苻坚任命梁成为荆州刺史，驻守襄阳。然后派人继续南下，在大将彭超和俱难的联合围攻下，秦军攻陷了盱眙，生擒了高密内史毛璪之。公元379年五月，秦军逼近三阿，并对三阿城展开围攻，三阿距离广陵仅有一百多里，此事让东晋朝野震惊。为了抵挡秦军，朝廷下令让谢安的弟弟谢石前去驻守凃中，命令谢玄从广陵出发前去支援三阿。
谢玄领命之后，率领军容齐整的北府兵赶赴三阿，并一举击退了秦军，彭超和俱难见北府兵来势汹汹，暂时退到了盱眙。此次胜利给谢玄以及北府兵带来了极大地信心，经过短暂的休整后，谢玄与何谦、刘牢之兵分三路继续对秦军发起攻击，将驻守盱眙的秦军打得大败，彭超继续退守至淮阴。谢玄趁势追击，继续对淮阴发起攻击，前几次失败让彭超等人颜面尽失，为了挽回颜面，彭超下令与谢玄决一死战，双方在君川展开了大战。此时的北府兵士气正盛，在谢玄的率领下，再次击败秦军。
战争讲究一鼓作气，接连失败让秦军信心尽失，此时的彭超已经无法指挥军队，士兵们为了活命相继逃窜。彭超自知大势已去，他害怕受到苻坚的惩罚，在惊恐中自杀身亡，而俱难则被贬为平民。谢玄通过一系列酣畅淋漓的胜利，彻底让自己名扬天下，为了表彰谢玄的功绩，司马曜封其为东兴县侯，并晋升他为冠军将军，兼任徐州刺史。
此番攻打东晋失败，并未伤及前秦的根基，北方及西域各个部落小国将前秦视为天朝正统，纷纷前来朝贡，长安城内呈现出一片车水马龙的景象。万国来朝的景象让苻坚非常高兴，此时的他已经在位将近三十年，在这期间他荡平了北方，在指正方面勤勤恳恳，是一位标准的明君。如果他此时能够占据北方和晋室划江而治，前秦的光辉历史会继续延续下去。但苻坚志在夺取天下，他想在有生之年完成天下大一统。
公元382年十月，苻坚召集群臣在皇宫内议事，他说前秦坐拥百万大军，他想亲自率军踏平东南，问各位大臣有没有不同意见。苻坚此话一出，犹如一颗重磅炸弹，大臣们对此议论纷纷。秘书监朱肜当即附和，说只要苻坚率军前去，晋室皇帝必然口衔玉璧，抬着棺材前来投降。苻坚听后微微一笑，表示同意。
但尚书左仆射权翼以及太子左卫石越等人表示坚决反对，他们说东晋以长江为天然垄断，让大军很难跨江而过，而且东晋朝堂人才济济，谢安和桓冲都是治国之才，君臣上下没有离心离德，这样的晋室很难打败。苻坚拿吴王夫差、东吴后主孙皓亡国的例子据理力争，以此来证明长江天险不能阻挡王朝灭亡，苻坚还补充说，他们百万大军将手中的鞭子扔到长江，都能阻断江水，这便是成语投鞭断流的由来。石越反驳说，夫差、孙皓是因为荒淫无道才导致灭国，和东晋的情况不一样。
苻坚见石越等人坚决反对，他当场没有做出决定，随即下令散会。随后苻坚留下苻融单独商量此事。苻融是苻坚的亲弟弟，从小天资聪颖，能文能武，深得苻坚的信任。苻坚询问苻融对讨伐东晋一事什么意见，苻融表示不赞同讨伐，他说晋主司马曜并非昏君，深得民心，此时讨伐事倍功半，再者连年征战已经让将士们很疲乏，继续征战会动摇国本。
苻坚没有料到苻融会反对南征，他当场训斥苻融。苻融并未因此改变态度，他告诉苻坚应该把精力放在鲜卑、羌人、羯人上面，如果倾尽全国之力讨伐东南，鲜卑等人会趁虚而入，届时会得不偿失。苻融用王猛的临终遗言来告诫苻坚，希望他能放弃南征的想法。除了苻融之外，苻丕也反对大举南征。
苻坚本以为会得到支持，如今大多数人反对南征，这让苻坚非常难以理解。他自认为并不是昏君，出师南征只不过是顺应天命，不应该因为大臣们的反对而受阻。就在苻坚犹豫不决时，慕容垂的一番话给了苻坚信心，慕容垂盛赞苻坚英明神武，手下拥有韩信、白起之类的良将若干，当初西晋皇帝司马炎打算征讨东吴时，朝堂上也仅有数名大臣支持，但最终还是拿下了东吴。慕容垂力劝苻坚应该坚定信心南征。
苻坚在慕容垂的劝说下，下定决心倾全国之力征讨晋室。得知苻坚的决定后，苻融等人上书力劝，均被苻坚驳回，后来就连苻坚最宠爱的妃子和小儿子也来劝阻，都被苻坚一一驳斥。众人见苻坚铁了心南征，便不再上书劝谏，只能接受这种结果。随后苻坚发布动员令，开始为南征继续做准备。苻坚下令全国每十名建康男性中就要出一名士兵，同时还征用全国的战马，动员令一出，就有数万人主动带着战马前来报到。就在前秦紧锣密鼓的准备南征时，晋室也在积极厉兵牧马，为即将发生的大战做积极部署。
公元383年六月，桓冲带领两个侄子桓石民和桓石虏，率领十万大军相继夺回了此前被前秦占领的地区，在襄阳一带与秦军形成了对峙。
当年八月，苻坚开始调兵遣将，分别对慕容垂、张蚝、姚苌等人进行任命。慕容垂得到任命后，他的侄子慕容楷告诉慕容垂，自从王猛去世后，苻坚变得越来越骄纵，现在已经到达了极点，此时是复兴燕国的好时机。慕容垂听完露出了满意的笑容，此前他力劝苻坚南征，就是想趁机光复燕国。如果苻坚不率兵南征，前秦就不会发生动乱，燕国就没机会复国。只可惜苻坚没有意识到这一点，或者说，即便苻坚意识到了这一点，但他不相信自己会输，更不相信慕容垂有机会趁虚而入。
公元383年八月初八，苻坚在三军面前进行了一番慷慨激昂的演讲，正式开启南征之旅。此番苻坚亲自率领步兵六十万，骑兵二十七万，浩浩荡荡的从长安出发，看到旌旗蔽日的场景，苻坚坚信此役必胜。此次出兵是华夏历史有记载以来动员军队最多的一次，几乎把整个北方的壮丁全部聚集起来，负责后勤的运粮船只就多达一万多艘。当年九月，多路大军完成了会师，准备对晋室发起致命一击。
面对如此庞大的对手，晋室并未感到畏惧，而是按部就班的进行战略部署。朝廷任命谢安的弟弟谢石为征虏将军，任命谢玄为前锋都督，谢安的儿子谢琰和中郎将桓伊也被派到前线作战。这是晋室能出动的最强阵容，为了这次决战，晋室也是倾尽所有。
完成人事部署后，建康城内依旧是人心惶惶，就连一向信心十足的谢玄也不知该如何打这场仗。他向叔叔谢安请示作战方案，对此谢安并未过多解释，只是让他安心待命即可。同样心神不宁的还有桓冲，他主动找谢安商讨破敌之策，但谢安整日游山玩水，与友人饮酒下棋，根本看不出任何危机感。桓冲见状感叹道，此番晋室注定要失败，夷人统治南方的日子不远了。
当年十月，身为征讨先锋的苻融率先进攻寿阳，并顺利拿下了寿阳城。与此同时，慕容垂也一路过关斩将拿下了郧城，紧接着苻融又将前来支援寿阳的晋军打得大败。当苻融将接连胜利的战报传给苻坚后，苻坚得意的告诉之前反对攻打晋室的大臣，说他们之前的建议是错误的。苻坚表示，他要活捉谢安、桓冲等人，并让他们为前秦效力。
接连失利并未打消晋军抵抗的决心，谢石和谢玄遵从谢安的指示，在对面安营扎寨。苻融在下达攻击命令之前，派人前去劝降。此次随军出征的度支尚书朱序，此前是晋朝的旧将，和谢石等人相识，于是派他前去劝降。朱序到达晋军大营后，先是当着众人的面劝谢石投降，随后朱序找到机会单独和谢石会面，然后将苻坚大军的部署一一告诉了谢石。
朱序告诉谢石，苻坚的百万大军尚未集结完毕，可以趁机打他一个立足未稳，如果等他们集结完毕，晋军就回天乏术了。交代完谢石后，朱序便返回大营。谢石随后把这个消息告诉了谢玄。
当年十一月，谢玄从北府兵中挑选了五千精锐，让刘牢之前去偷袭驻扎在洛涧的梁成大军。在距离洛涧十余里时，梁成已经获悉刘牢之前来投降，并命人设下埋伏，准备等刘牢之入瓮。但刘牢之是一员猛将，他明知山有虎，偏往虎山行，在他率领下，五千北府兵个个以一当十，把梁成的大军搅合的底朝天，梁成在混乱中被杀，此役刘牢之斩杀秦军一万五千多人，缴获粮草辎重无数，并生擒扬州刺史王显等人。
刘牢之的勇猛出乎了谢玄的意外，更加感到意外的则是苻坚，他听闻秦军大败，和苻融登上寿阳城头远眺，只见晋军铠甲鲜亮、阵容齐整，口号喊得震天动地，此景让苻坚为之一颤。在晋军撤退的时候，苻坚把旁边的草木都误以为是晋军，这便是成语草木皆兵的由来。
苻坚为之前的轻敌大意深感惭愧，眼见晋军攻势凶猛，为了保险起见，苻坚下令在淝水西岸摆开阵势，阻挡晋军渡河。谢玄看到秦军的排兵布阵后，派人给苻融送信，说秦军远道而来却临水布阵，看来是想打持久战，谢玄请求苻融把军队后撤，让晋军过河，两军决一死战。
苻融将这个信息告诉了苻坚，苻坚询问众人的意见，大部分人都不同意让晋军过河，因为秦军数量要远远多于对方，等到后续部队完成集结，就能过河碾压对方。苻坚却持有不同的意见，他说可以后撤让他们渡河，等他们的军队过来一半时，利用骑兵对这一半人马发起围剿，一定可以将他们全歼。对此苻融表示同意，众人见两人意见一致，便不再敢提反对意见。随后，苻融命令军队后撤，给晋军留出一定的空间。
从客观层面来看，苻坚制定的战术并没问题，但问题出在军队撤退的时候出现了异动。军队指挥官只是向士兵传达撤退的命令，但没有向士兵解释为什么会撤退。由于秦军此前接连打了几场败仗，当士兵们听见撤退的命令后，以为军队又打了败仗，士气瞬间非常低落。起初士兵们还能有序撤退，没过多久士兵们就开始变得烦躁起来，整支军队也变得混乱无序。就在此时，朱序在队伍中高呼“秦军败了，赶紧逃命”。朱序这声口号让本来就混乱不堪的军队更加慌乱。在通讯不发达的年代，士兵们无法向最高统帅确认信息的正确性，为了保命，士兵们丢掉武器纷纷落荒而逃。苻坚组织的这支大军，是由多个民族组成的，在顺境中还能做到团结一致，如今身处逆境，大家都不愿意为他人卖命。
就在苻融下令撤军时，对岸的谢玄注视着秦军的一举一动，当他看到秦军出现慌乱，马上协同谢石和桓冲率领八千精锐士兵火速渡河，准备对秦军发起攻击。苻融作为高级统帅，为了制止慌乱，他骑马努力奔走来维持秩序，但士兵们根本无心理会苻融的指令，只顾着逃跑。随后晋军成功渡河，并趁乱将苻融斩杀。秦军见主帅苻融被杀，更加慌乱，一时间数十万大军呈鸟兽状散去。
谢玄见秦军已经彻底失去方寸，带领精锐拼命追杀，秦军士兵因为自相踩踏而死的人不计取数，加上在沿途中走丢的，掉入河水中冻死的，战损人数高达十之八九。朱序和前凉王张天赐趁乱逃到了晋军大营，此役过后，晋军成功夺回寿阳，并重挫秦军的主力部队。
在此次战乱中，苻坚被流矢击中，差点命丧当场，好在他的坐骑跑得快，最终帮他脱离了险境。脱险后的苻坚非常惭愧，他很后悔没有听从群臣的建议，盲目发动战争。
客观来讲，这场战争对苻坚来说是一场稳赢的战争，从苻坚的战前部署以及战争中的决策来看，他并没有犯致命错误。只是这其中的偶然因素导致了他整个战局的失败。运气也是实力的一部分，苻坚有一千种赢得胜利的方式，只有极小的概率输掉战争，奈何运气不站在他这边，这才导致小概率事件发生。
此时的苻坚身边仅有一千多人，随军出征的慕容垂则率领三万大军毫发无损。为了寻求庇护，苻坚率领残兵前去投奔慕容垂。慕容垂的长子慕容宝劝说将苻坚杀死，趁机光复燕国。慕容垂是一个重情义的人，当初在燕国受到排挤时，是苻坚收留了他。当他被王猛设计陷害时，苻坚仍然选择相信他。出于这份恩情，慕容垂没有听从部下们的建议杀死苻坚，而是将三万士兵交给了苻坚。慕容垂告诉众人，如果秦国气数已尽，他必定能扫平关中。如果秦国气数未尽，即便杀了苻坚也无法取得天下。苻坚之前对慕容垂宽宏大度为他赢得了一条生路。
兵败后的苻坚率领三万士兵往长安撤退，一路上不断聚拢走散的士兵，等到达洛阳的时候，苻坚又组织起了十几万大军。公元383年十二月，苻坚终于抵达了长安，几个月前，他怀揣一统天下的梦想南下征讨，如今归来时，百万大军只剩下十几万人。想到死去的弟弟苻融以及几十万将士，苻坚失声痛哭。
当初慕容垂将三万士兵交给苻坚后，跟随苻坚往长安回撤，在行至渑池时，慕容垂向苻坚请辞，说要前往邺城祭拜一下祖先。苻坚没有考虑太多，便答应了他的请求。
事后尚书左仆射权翼建议苻坚将慕容垂追回来，放他出走等于给前秦树立一个强敌。但苻坚已经答应慕容垂，他不想再反悔，便任由慕容垂离去。权翼见苻坚不忍心动手，便派刺客前去追击慕容垂，准备将其诛杀。慕容垂早就预料到这种情况，他出走后不久就乔装成普通百姓，瞒过了前来追击的刺客，最终逃过一劫，后来到达了邺城。
听闻慕容垂到达邺城，驻守邺城的苻丕亲自出城迎接，但苻丕并未让慕容垂入城，而是将他安排在城外居住。慕容垂一心想要进城祭拜先祖，但苻丕下令拒绝他入城，慕容垂一怒之下杀死了守城侍卫强行闯入。石越得知此事后，建议苻丕趁机杀死慕容垂，免得养虎为患。苻丕以慕容垂护主有功为由，暂时没有对他动手，但苻丕知道慕容垂胸怀大志，所以并未打算放过他。
苻坚兵败的消息散开后，之前被前秦打败的部落开始蠢蠢欲动，丁零族酋长翟斌趁乱起兵反秦，宣布脱离前秦的管理，并准备攻打洛阳。为了平息叛乱，苻坚下令让慕容垂前去平叛。慕容垂此番前去平叛，需要从邺城调集兵马，苻丕为了除掉慕容垂，拨给他三千老弱病残。苻丕此举是想借翟斌之手除掉慕容垂，为了置他于死地，苻丕另派大将苻飞龙率领一千骑兵随军策应，苻丕嘱咐苻飞龙伺机将慕容垂杀掉。
此时的慕容垂还不知道苻丕准备杀他，出发之前他把慕容农、慕容楷、慕容绍等人留在邺城，他亲自率军南下平叛。当行至河内郡时，有人将苻丕的阴谋告诉了他，慕容垂得知后大怒，他没有大肆声张，而是对身边宣布不再效忠于苻氏家族，并以兵力不足为由停在当地招兵买马，不久之后就聚集了一支八千人的队伍。
公元383年十二月二十七日深夜，慕容垂趁苻飞龙熟睡之际，起兵杀死了苻飞龙以及他的部属，次日，慕容垂渡过黄河直奔洛阳。留在邺城的慕容楷等人听闻慕容垂起事后，当即逃离了邺城前去投奔。翟斌知道慕容垂不是一般人，他无意与之交手，后来在部下的劝说下奉慕容垂为盟主，共同进攻前秦。
慕容垂见翟斌主动来投，便放弃攻打洛阳，转而率兵东进，准备拿下邺城。随着慕容垂起兵的消息广泛扩散，前来投奔的人越来越多，当他从石门渡过黄河时，部众已接近二十万。与此同时，慕容农等人逃出邺城后，他以父亲慕容垂的名义积极在各个部落之间周旋，说服他们站出来共同抵抗前秦，在慕容农的努力下，他聚集了一支几万人的部队。
苻丕得知慕容垂起兵的消息后，派石越前去阻击，结果被埋伏在半道的慕容农偷袭，石越被当场斩杀。石越是前秦猛将，他的死在军中引起巨大的慌乱。公元384年正月二十六，慕容垂与慕容农在邺城外会师。在大家的劝谏下，慕容垂自封为燕王，兼任大将军，随后他封自己的儿子慕容宝为世子，任命弟弟慕容德为车骑将军，慕容楷、慕容农等人都得到封赏。随着慕容垂自立为王，五胡十六国之中又多了一个政权，后世将慕容垂建立的燕国称为后燕。后燕是五胡十六国中第七个国家。
在慕容垂自立为王的同时，慕容儁的七儿子慕容泓从北地郡逃往关西，一路上召集了数千士兵据守华阴。随后慕容泓打败了前来讨伐的秦军将领强永，一时间名声大振。他见叔叔慕容垂建立了政权，也自封为大将军，建立了自己的政权，史称西燕，不过西燕并未被列入五胡十六国。慕容泓起兵后不久，镇守平阳的慕容冲也起兵反秦，一时间慕容氏把前秦大地搅和的非常混乱。
慕容氏的相继背叛让苻坚大为恼火，他后悔当初没有听从权翼的建议杀掉慕容垂，为了压制慕容氏的势头，苻坚在权翼的建议下派自己的儿子苻叡前去攻打慕容泓，苻叡初出茅庐，为了给他保驾护航，苻坚任命龙骧将军姚苌为司马，协助苻叡。
听说秦军大举来伐，慕容泓不敢力敌，准备从关西逃往关东。姚苌建议苻叡给慕容泓留一个口子，让他们顺利过去，如果强行阻拦，恐怕会引起鲜卑人的誓死反抗。苻叡自视甚高，他觉得鲜卑人只是一群乌合之众，根本不足为惧，强行与慕容泓决战，结果因为轻敌遭到大败，苻叡也在乱军中被杀。
苻叡是苻坚非常疼爱的儿子，当姚苌派参军姜协到长安汇报死讯时，苻坚一怒之下将姜协斩首。姚苌得知姜协被斩的消息后十分害怕，他不敢返回长安，而是逃到了渭北一个养马场藏身。羌人贵族尹纬听说姚苌脱离苻坚的消息后，率领五万部众前来投奔，推举姚苌为首领。姚苌自知不可能得到苻坚的谅解，经过一番思量决定自立门户，自封为大将军、大单于、万年秦王，后世将这段政权称为后秦。后秦是五胡十六国中第八个国家。
此时前燕故主慕容暐还留在长安任职，接连遭遇背叛的苻坚把慕容暐叫到跟前怒斥了一顿，他痛骂慕容氏背信弃义、人面兽心。慕容暐听后连连磕头认错，苻坚本想杀慕容暐泄愤，气消后又放过了他，苻坚表示父子兄弟互不株连，没有必要牵连慕容暐。
但苻坚的大度并未换来慕容暐的知恩图报，苻坚让慕容暐给慕容垂、慕容泓和慕容冲写信，让他们解除部众返回长安，之前的事情可以既往不咎。慕容暐表面上假装顺从，暗地里却给慕容泓送信，让他们不要顾及他的死活，应该趁机恢复燕国。慕容泓得到消息后，准备发兵进攻长安。在慕容泓进攻长安之前，内部出现了混乱，由于慕容泓为人比较骄横，动不动就杀人，他的部下人人自危。谋臣高盖和宿勤崇等人杀掉了慕容泓，推举慕容冲为皇太弟。
慕容冲合并慕容泓的军队后实力大增，姚苌为了拉拢慕容冲，将自己的儿子姚嵩送到慕容冲那里做人质，请求与慕容冲和平相处。与此同时，在邺城外集结完毕的慕容垂，准备攻取邺城作为后燕的都城，慕容垂念及苻坚对自己的恩情，在攻城之前派人前去劝说苻丕，只要苻丕能让出邺城，他会让苻丕顺利返回长安。但苻丕坚决不从，誓死保卫邺城。
劝说无果后，慕容垂下达了攻城命令，为了顺利拿下邺城，慕容垂亲自到前线督战。由于邺城易守难攻，加之苻丕抵抗决心强烈，燕军久攻不下，还出现了严重伤亡。后来慕容垂下令退兵，双方形成了对峙之势。此前尊慕容垂为盟主的翟斌，见邺城久攻不下，觉得慕容垂被高估，便开始谋划退路。
太子慕容宝察觉到异样后，劝说父亲除掉翟斌，慕容垂不想主动发难，免得遭人话柄。但慕容垂并未打算放过翟斌，他打算用捧杀的方式除掉他。于是慕容垂故意在翟斌面前示弱，处处礼让他。此举让翟斌觉得慕容垂畏惧自己，变得越来越狂傲。后来翟斌向慕容垂请求尚书令一职，慕容垂表示，以翟斌的功绩应该位列上公，只是现在四方尚未平定，不能马上任命，等拿下邺城后再讨论此事。
一向骄横的翟斌认为慕容垂怠慢了自己，便决定反叛，他派人和苻丕秘密商议，准备里应外合除掉慕容垂。但因为走漏消息，被慕容垂提前获悉。拿到翟斌的通敌的证据后，慕容垂下令诛灭了翟斌一族。慕容垂通过此举不但除掉了潜在威胁，也成功在众将面前立威。
经过长达八个月的围困后，邺城已经弹尽粮绝，但苻丕仍没有投降的意思。此时慕容垂做了一个大胆的决定，他下令军队后撤到新兴城，给苻丕让出一条生路，让粮食能够进入城中。这样既能保全邺城内的百姓，也算是报答苻坚的恩情，同时也让长期作战的燕军得以休整。慕容垂撤退后，苻丕得到了喘息之机，但他的危机并未因此解除，因为南方的晋室正在酝酿北伐。
淝水之战过后，谢安因为指挥有功被提拔为太保，谢石被提拔为尚书令，谢玄被封为前将军，其他有功之人也均得到奖赏。此次大胜并未让谢安躺在功劳簿上坐吃山空，他眼见北方陷入一片混战，于是向皇帝司马曜提出北伐，司马曜听后大喜，当即表示同意。随后将十五个州的军事交给谢安都督，东晋当时一共有十七个州，谢安一人就管理十五个州，这相当于整个国家都归谢安调度，此时的谢安，比当初桓温的权势还要大。与桓温不同的是，司马曜是完全信任谢安的，而桓温是利用手中的权势架空皇权。
桓冲去世后，谢安本有能力将剩下的荆州和江州都归于谢家，但谢安认为此举会给谢家招致祸乱，坚决不同意将二州交给谢玄。再者桓家在二州经营多年，强行让谢玄前去接管，必然会引起祸乱，这对朝堂稳定非常不利。经过一番考量，谢安让桓冲的两个侄子桓石民和桓石虏分别担任二州刺史。不得不说，谢安在个人品格和政治成熟度方面是高于桓温的。
决定北伐后，谢安任命谢玄为前锋都督。谢玄领命后，带领刘牢之等一众猛将攻城拔寨，公元384年九月，谢玄攻打兖州，兖州刺史张崇弃城而逃前去投奔了慕容垂，拿下兖州后，黄河以南的城池纷纷献城投降。随后大军一路北上，直逼邺城。苻丕刚从慕容垂的围攻中缓过神来，眼见晋军大举来伐，他急忙向其他前秦军队求援，但此时的前秦已经是满目疮痍，没人前来相救。为了保全邺城。苻丕派弟弟苻就和参军焦逵前去找谢玄求和，苻丕表示，只要晋室肯借粮给邺城，他就愿意把邺城拱手相送，然后他率领军队回援长安，苻丕特意交待，在与晋室谈判的时候，一定要让他们善待邺城百姓，如果不遵守承诺，他会誓死抵抗。
参军焦逵觉得晋室不一定会答应相救，便打算私自更改谈判条件，以臣子的口气向晋室求救，等晋军一来，他就联合其他人挟持苻丕向晋军投降。但后来焦逵计划败露，苻丕一怒之下杀了焦逵。和谈失败后，晋军继续朝邺城逼近，当初慕容垂撤退就是为了给苻丕一条生路，让他离开邺城回长安，如今苻丕不仅没有离开，晋军又不断向邺城逼近，慕容垂被逼无奈再次包围邺城，防止邺城落入晋军之手。
没过多久，晋军和燕军在邺城附近相遇，慕容垂和刘牢之都是猛将，两人棋逢对手斗得不可开交，彼此之间都有伤亡，此番两人打成平手。后来刘牢之再次与慕容垂交锋，并一举将慕容垂击败。苻丕见慕容垂败走，开城尾随刘牢之一起攻打慕容垂，准备对慕容垂形成了合围之势。慕容垂见军队退无可退，便下令停止撤退，准备与晋军、秦军决一死战。
陷入绝境的慕容垂命令军队丢下辎重，以此来麻痹前来追击的晋军。晋军见到燕军辎重丢了一地，便放弃了追击，士兵们丢下武器前去整理辎重，就在此时，埋伏在一边的慕容垂率兵杀出，将晋军杀得大败，斩首晋军数千人。幸好秦军及时赶来相助，主帅刘牢之才幸免于难。为了感谢苻丕出手相救，谢玄拨给邺城一些粮食。晋室朝廷见北伐难度太大，一时间很难打败前秦和后燕，遂召回谢玄，此次北伐最终以失败收场。
就在谢玄北伐之际，接管西燕的慕容冲对长安发起攻击，在慕容冲的率领下，西燕军队接连打败了秦军，慕容冲顺利占领了阿房城，随后又兵临长安城下。慕容冲曾经受过苻坚的恩情，苻坚试图打柔情牌让他退兵，但慕容冲并不领情，反倒让苻坚自缚双手出城投降。苻坚此时才意识到慕容一家个个都是狼子野心，他后悔当初没有听王猛的话清除慕容氏。
长安在苻坚的经营下，城防非常坚固，慕容冲一时间无法攻攻进来。就在此时，留在城中的慕容暐心生一计，他准备率领长安城内一千多名鲜卑人反抗苻坚。公元384年十二月，慕容暐以小儿子结婚的名义邀请苻坚来参加婚礼，并打算在婚礼上除掉他。结果婚礼当天天降大雨，苻坚没有赴宴才躲过一劫。后来苻坚得知慕容暐的计划，质问他为何要背叛他，慕容暐表示，为了复兴大燕，只能将各种恩情抛在一边。失望透顶的苻坚，下令将慕容暐处死，慕容暐死时年仅三十五岁。
慕容冲得知哥哥慕容暐被杀后，当即决定登基称帝，然后对长安展开围攻。为了鼓舞士气，苻坚亲自率军前去迎敌，连续两次打退了慕容冲的进攻，急于求成的苻坚打算一鼓作气拿下慕容冲，结果中了埋伏，损失惨重，苻坚在亲信的奋力拼杀下才得以返回长安。
连年作战导致长安城内发生了饥荒，到处都是饿死的人，西燕军队也面临着粮食短缺的情况，双方军队为了补充军粮，用对方士兵的尸体充饥。没有战事的时候，西燕士兵就到城外捉活人作为军粮。此时的苻坚已经乱了方寸，由于他的指挥失误，致使他的小儿子苻晖兵败自杀，随后高阳公苻方也被慕容冲打败。将士们见长安大势已去心灰意冷，很多人为了自保不再听从苻坚的调度，自己谋求后路。
被逼至绝路的苻坚，带领女婿杨定誓死抵抗，打退了西燕几波进攻，暂时保住了长安。当年五月，慕容冲将全部队伍集结到长安城下，准备毕其功于一役。苻坚知道这是一次生死战，他亲自登上城楼督战，结果被流矢击中，身受重伤。
就在慕容冲围攻长安之际，其他受过苻坚恩惠的部落，偷偷往长安城内运粮，继续支持苻坚作战，还有一些部落首领冲到西燕军中放火，以此来声援苻坚。但在西燕大军面前，这些举动都于事无补。苻坚见这么多人为了他而牺牲心痛不已，此时的他已经心力交瘁。随后杨定被生擒成为压垮他的最后一根稻草。纵横一生的苻坚终于感受到了恐惧，他没有其他办法来破敌，为了给将士们祈福，他打算到五将山进行祭拜，于是留下太子苻宏驻守长安，然后带领一众妻儿以及数百骑兵前往五将山。
苻坚走后，慕容冲趁机对长安发起攻击，苻宏不是慕容冲的对手，眼看城破在即，苻宏带着皇室宗亲以及司隶校尉权翼准备投奔后秦。苻宏走后，长安随即被慕容冲攻破，为了发泄怒火，慕容冲下令将士们在城内烧杀抢掠，一时间，长安城内哭嚎遍野，一片末日景象。
就在慕容冲围攻长安之际，姚苌也在关注苻坚的一举一动，当他得知苻坚率人到五将山祈福的消息后，立刻派人将五将山包围。前秦士兵见苻坚已经是穷途末路，纷纷离他而去，苻坚身边仅剩十几个士兵愿意跟随。前不久还能挥鞭指挥百万雄师的帝王，如今却成为待宰的羔羊，苻坚内心闪过一丝悲凉。面对后秦军队的包围，他并未感到惊恐，安静的等着被捉。
后来苻坚被绑送到新平郡，姚苌将其打入大牢，并命人严加看管。太子苻宏听到苻坚被俘的消息后，转而南下投奔晋室，到了江东后，司马曜命人将苻宏一行人安置在江州。姚苌抓到苻坚后，亲自前去向他讨要传国玉玺，结果被苻坚骂得狗血淋头。姚苌自知理亏，派右司马严纬前去劝说苻坚，希望他能禅位于姚苌。
苻坚表示，禅让是圣贤之间的事情，姚苌只是个叛贼，不配谈禅让之事。不过苻坚与严纬交谈的时候，发现他是一个大才，堪比王猛。但此前严纬在前秦只是一个八品官员，苻坚得知此事后自责不已，他说自己居然昏庸到没有发现严纬这样的人才，国家灭亡是早晚的事情。
苻坚过去一直对手下大臣们非常厚待，对姚苌更是宠爱有加，如今姚苌如此忘恩负义，让苻坚十分生气。为了不让自己的女儿遭受凌辱，他忍痛杀死了自己的两个女儿。
公元385年八月，姚苌把苻坚带到一座寺庙中将其缢死，时年四十八岁。苻坚去世后，他的夫人和儿子也相继自杀身亡。姚苌为了掩饰弑君的罪名，追谥苻坚为壮烈天王。
淝水之战是华夏历史上非常有名的一次战役，也是决定历史走向的一战。此战之前，苻坚是北方的霸主，晋室只能在南方偏安求生，此战过后，苻坚连同他的帝国烟消云散。如果让苻坚重来一次，他有一百种赢得胜利的办法，但历史不能重来，有些事情只能发生一次，而偏偏这一次，决定着千万人的命运。
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