《蜀山战纪之剑侠传奇》根据还珠楼主李寿民的著名小说《蜀山剑侠传》改编，讲述了蜀山弟子们与邪恶势力所展开的人神之战、神魔之战与正邪之战。
该剧由赵丽颖、陈伟霆、吴奇隆等主演。丁隐（陈伟霆饰）是蜀山派的弟子，他的体内有掌门诸葛驭我（吴奇隆饰）所打入的传世珍宝赤魂石，诸葛驭我想要将天赋异禀的丁隐培养成武林高手，打败他的宿敌绿袍尊者。一次偶然中，丁隐遇见了名为玉无心（赵丽颖饰）的女子，让丁隐感到震惊的是，玉无心的相貌，竟然和自己死去的妻子一模一样。丁隐无法抗拒地爱上了玉无心，而玉无心的真实身份却是绿袍尊者的女儿，两人陷入了苦恋之中。蜀山派内暗流涌动，各派势力各怀鬼胎蠢蠢欲动，丁隐和同门丹辰子（高伟光饰）、诸葛紫英（刘思彤饰）、周青云（文咏珊饰）等人力挽狂澜，却陷入了更险恶的阴谋之中。
传说黄帝打败蚩尤后，蚩尤八十一个兄弟的元神藏于一块奇石中。此奇石居于山中，千年来吸收日月天地之精华，炼化成血灵石，灵力非凡，后人称之为赤魂石。赤魂石戾气非常，得之者若心性不坚定，便会走火入魔。某年，赤魂石被刚正坚韧的太清真人得到。他守住心性，破魔得道，修得绝世武功，创立蜀山剑派。太清真人痛心赤魂石危害人间，凝聚蜀山灵力将其封存，世代守护。蜀山剑派虽因此归隐山林，但恩泽天下，得万人景仰，一呼百应。
240年后，蜀山剑派先掌门白眉真人得道飞升，第七十代弟子诸葛驭我在凌云峰接任掌门。他盟誓就任时，一直被师傅关押在伏魔谷的师弟上官警我突然闯进殿来，指责诸葛驭我不仅暗害自己，还逼迫素因师妹嫁他为妻。打斗中，素因与上官警我不慎坠崖，尸骨无存，赤魂石被打入诸葛驭我体内，诸葛驭我不得不常年闭关于凝碧崖抵抗赤魂石戾气，蜀山事务交由公孙无我暂时打理。
24年后，赤魂石异动，民间怪病横行，民不聊生。蜀山剑派弟子紫英与大师兄丹辰子奉命调查怪病原因，发现怪病原是烈影神宗所致。紫英等人意外得知24年前遗失的赤魂石元神在30里外的卧云村。丹辰子决定冒险前去，抢在魔宗前面，取回失落的那个元魂。但第二天到达卧云村时，村内已经遭到了魔宗的屠杀，几人只好先救下昏迷的张馅饼和丁大力。丁大力醒后得知爱人已死的消息，顿时发病，体内散发出与赤魂石一致的气息。诸葛驭我、公孙无我及晓如真人欲合力取出丁大力体内的元魂，但丁大力是赤魂石最好的载体，元魂已与丁大力融为一体，无法取出，众人只得作罢，将丁大力和张馅饼暂时安置在栖霞峰。
恰逢素因忌日，诸葛驭我去往素因的衣冠冢前祭拜时发现烈影神宗绿袍尊者竟是上官警我。诸葛驭我与上官警产生争执，又开始争夺赤魂石，却不料赤魂石被打入了路过找九毒神君报仇的丁大力体内，还致使丁大力失去记忆。失去记忆就丁大力被诸葛驭我哄骗，称丁大力是自小在蜀山栖霞峰的长大杂役丁隐。丁隐忘记了所有，每日埋头在栖霞峰做事，但脑海中一直会出现一个女人的面容
阴风谷内，得知赤魂石已顺利打入丁隐体内，上官警我召回了跟丁隐妻子长相一致的下属玉无心。玉无心服下断情丹，任务是将丁隐带回烈影神宗。
一日，丁隐从张馅饼处得知自己被蜀山派欺骗的事实，离开蜀山之时恰巧碰到入蜀山找寻丁隐的玉无心。玉无心谎称自己就是丁隐的妻子，正欲带丁隐离开蜀山，被青云和晓如真人一行人阻拦，上官警我适时出手，掳走了丁隐。然而想要从丁隐体内取出赤魂石，需要唤起丁隐的魔性，上官警我遂命令玉无心想方设法唤起丁隐的魔性。第一次尝试唤醒失败后，西域霸主屠霸的妹妹屠媚想要处罚玉无心，被上官警我阻拦，上官警我告知屠媚玉无心其实是自己与师妹素因的孩子。但得知自己是上官警我的孩子的玉无心却还来不及高兴，就被上官警我要求断情绝欲。
上官警我不满被屠霸控制，易于抢夺西域霸主之位。诸葛驭我想让丁隐炼化赤魂石以根除赤魂石，遂叫晓如真人收丁隐为徒，丁隐于是成为蜀山弟子，开始修习剑法。丁隐勤奋地练习武功，但蜀山弟子须练剑三年，能驾驭剑灵后，才可以到剑林峰寻剑，否则会被剑灵伤害。张馅饼偷偷带丁隐潜入剑冢，让丁隐挑剑，却意外放出十年前封印在蜀山的采花狂魔五鬼天王。逃出蜀山的五鬼天王倾心于貌美的玉无心加入了烈影神宗。但在禁地看过血影神功心法的丁隐却被心法所影响在深夜练功入魔。公孙无我担心出现第二个绿袍尊者，建议废除丁隐武功，取出赤魂石。但诸葛驭我却力排众议，相信丁隐能克服心魔。清醒后的丁隐也求诸葛驭我取出赤魂石，诸葛驭我鼓励丁隐鉴定心性，最终只是毁去了崖壁上的血影神功心法。
因为不小心入魔，丁隐害得丹辰子受伤、张馅饼经脉尽断。为救张馅饼，丁隐跪求百草仙人无果。在青云的帮助下，百草仙人终于答应救张馅饼，但同时张馅饼也成为了百草仙人的药人。
期间，魔宗又在危害人间。蜀山弟子奉命下山救治百姓，原本驻守蜀山的丁隐被魔宗藏于蜀山的内应支使下山，遇到早就埋伏在山下的玉无心和五毒。玉无心和五毒联手演戏，想骗取丁隐的信任，趁丁隐不备夺取赤魂石，然而计划却被与丁隐同行的青云打破。在打斗中，几人皆受伤，无奈寻到一位素手医仙，未曾想这位素手医仙竟是当年坠崖的素因，也是玉无心的母亲。认出玉无心和蜀山弟子的素因不打算与他们相认，让丁隐和青云不要将遇到素手医仙的事情告知他人，还悄悄将玉无心的断情毒解了，并拔下头上的簪子轻轻插在玉无心的发髻上。
尽管知道玉无心接近自己另有所图，但丁隐还是忍不住对玉无心动心，即便是在蜀山内思过也还是忍不住给玉无心传递情思。收到丁隐情书的玉无心开始好奇感情的滋味，于是在背着上官警我偷吃断情丹的解药。
为了找寻金蚕毒解药的药材，丁隐等人再次出山。魔宗抓住这次机会，预备利用玉无心对丁隐使用苦肉计。丁隐果然中计，但玉无心却在爱情和亲情之间两难，正当此时，暗中隐藏的屠媚出现准备抢走赤魂石再杀了玉无心。素因及时赶到，阻拦了屠媚的同时，也与玉无心一同坠崖。眼见玉无心坠崖的丁隐心魔，悲痛万分之际激起斗志，与丹辰子等人一起击退了屠媚。
回到蜀山的丁隐依旧每日与玉无心通信。玉无心告诉丁隐自己想要投靠蜀山，但因为玉无心的身份，玉无心只能待在蜀山的一处静谧之处。丁隐与玉无心在相处中确定了自己的心意，一吻定情。但好景不长，蜀山众人已经发现玉无心魔宗的身份，一边，张馅饼困住丁隐，另一边，丹辰子带领蜀山众人对玉无心展开围堵。在众人的挑拨下，玉无心与丁隐拔剑相向。
分开的两人在伤心了一阵之后重新振作，丁隐虽其他蜀山弟子下山寻找神剑，玉无心想要改过自新还在暗处帮助他们。玉无心自知自己杀害了丁隐太多同门，且曾经多次欺骗丁隐，不知道怎么面对丁隐，但丁隐已经被一直倾心他、帮助他的青云打动，准备与青云在一起。遭到暗杀的丁隐众人被玉无心设法解救，玉无心打算趁机表白丁隐，但却被丁隐拒绝。玉无心理解当务之急是寻找神剑，便不再纠结感情而是跟随蜀山众人一起找寻神剑。但找寻神剑谈何容易，在一个山洞中，青云和玉无心皆受伤，两难下，丁隐把唯一的解药给了青云，而亲身帮玉无心吸出毒，此时三人都已知晓心中真情。青云选择放下对丁隐的情感，与玉无心冰释前嫌。丁隐与玉无心也决定重新在一起。一旁的小蝶被丁隐和玉无心的真情打动，拿出了其他的解药帮他俩解毒，并告知此次险情的其中奥秘。
脱离苦难的丁隐回到居处，又遭到屠霸的暗算，在赤魂石的影响下入魔，打伤了上官警我。为救上官警我，素因将上官警我的血脉与丁隐的血脉相连。受伤的丁隐被诸葛驭我交由玉无心照顾，在玉无心的悉心照顾下，丁隐迅速恢复，两人难得独处，红烛之下，互许终生，一起度过了几日无忧无虑的美好时光。但好景不长，玉无心被阴风谷的人带走，丁隐为了大局随丹辰子等人前往莽苍山取紫郢剑。但取紫郢剑的过程也不顺利。丁隐受重伤遭到赤魂石反噬，能救丁隐的只有血饮刀，然而只有五鬼才能召唤血饮刀。五鬼告诉玉无心，只有玉无心与自己结婚他才召唤血饮刀救丁隐。玉无心含泪答应。
上官警我一心想要复活素因。他告知了丁隐一切的真相，丁隐一时无法接受遂入魔。上官警我趁机与丁隐打斗，终于唤出素因。上官警我、素因、玉无心三人短暂地家人团聚后，上官警我因受重伤而亡。上官警我死亡，诸葛驭我受重伤，此时公孙无我的野心终于显露出来。诸葛驭我时日无多，在任命丹辰子做下任掌门，丁隐做点苍峰长老后便离世飞升。对蜀山心怀仇恨的丁隐表面答应，背地里与公孙无我合作，将丹辰子杀害，蜀山众弟子也因为走火入魔痛苦不堪。眼见丁隐被仇恨蒙蔽双眼，残害众人，青云决定前往阴风谷找寻玉无心。然而丁隐却称玉无心为“妖女”，曾经对玉无心的爱意已荡然无存。
如愿当上蜀山掌门的公孙无我下令攻打阴风谷。丁隐带着已经成为血偶的蜀山弟子们来到阴风谷，上官警我留下的烈焰阵既无法唤起丁隐的良知，也无法阻挡已经成为血偶的蜀山弟子们，玉无心只好与丁隐交战。但玉无心和青云终究不是丁隐的对手，几招之后，二人都重伤在地，但丁隐还未罢休，在他用力掐住玉无心的时候，一旁的青云趁机将青索剑插入丁隐体内，看到赤魂石只毁了一半，青云还欲下剑，被玉无心拦下。玉无心把丁隐带入谷内，终于用真情唤起了丁隐的部分良知。为了彻底让丁隐脱离赤魂石的折磨，玉无心遍访天下名医，竟然意外找到已经“死去”的张馅饼。张馅饼用药阵治疗丁隐，七天七夜之后，丁隐的伤势已经痊愈却得了失魂之症。张馅饼将往事告知丁隐，希望能唤起丁隐的记忆，然而丁隐记起了所有，却唯独选择忘记与玉无心有关的记忆。
在张馅饼的帮助下，丁隐玉无心终于修成正果。这是，施加在青云身上的诅咒禁术令青云性命垂危。为了救治青云，丁隐决定与青云结婚圆房，玉无心泪干后默默走开。此时屠霸和公孙无我来袭。为了打败屠霸和公孙无我，玉无心与其同父异母的姐妹屠梦联手将上官警我复活。复活的上官警我已经放下仇恨，与丁隐和解，联手解救苍生。
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